Добрый день! Насколько мне известно, не существует растений, способных уничтожить грибную инфекцию. Если не хотите применять никакие препараты и не заменять грунт, то можно порекомендовать севооборот, т.е. посадить такие растения, которые эта инфекция не поражает, например, попробовать те же сидеральные культуры (соя, овес, горчица, рожь и т.п.). Но вряд ли почва оздоровится сразу же, надо будет подождать 2-3 года (как рекомендуют) прежде чем опять высаживать томаты. Хотя произойдет ли это в горшечной почве? Ведь зараза оттуда не вымывается осадками и т.п. как в естественных условиях.
Из безопасных препаратов можно попробовать биологические фунгициды. И обеззаразить любым известным способом: пропарить, пролить кипятком, проморозить в зиму.
Я бы посоветовала землю в горшках менять ежегодно, тем более под плодово-овощные культуры - этим и удобно контейнерное выращивание, ведь почва сильно истощается. Выпустите землю "погулять", а в дом возьмите новую - за пару лет на свежем воздухе старый грунт придет в себя и его снова можно будет использовать.